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Jan 28, 2024

Bruker lanza el espectrómetro de masas timsTOF Ultra con sensibilidad transformadora

Por Heather Pasillo | 8 de junio de 2023 En la 71.ª reunión de ASMS, Bruker Corporation

Por Heather Pasillo | 8 de junio de 2023

En la 71.ª reunión de ASMS, Bruker Corporation anunció la sensibilidad transformadora en la plataforma timsTOF de 4D-Proteomics con el lanzamiento del nuevoEspectrómetro de ultramasas timsTOF . Incorpora una nueva fuente de iones Ultra de ionización por pulverización cautiva (CSI) con un capilar más grande y un flujo de gas de vórtice optimizado, una novedosa celda XR TIMS (separación por movilidad de iones atrapados) de cuarta generación y un digitalizador de 14 bits. EltimsTOF Ultra puede identificar más de 55 000 péptidos que se mapean en 5000 grupos de proteínas al nivel de una sola célula de 0,125 ng de carga de proteínas, con un FDR del 1 % y más de 4800 grupos de proteínas cuantificados con CV de <20 %. Esta sensibilidad revolucionaria y rendimiento de cuantificación por debajo del nivel de carga de proteína de 1 ng establece un nuevo punto de referencia. La sensibilidad inigualable, con la solidez comprobada de la plataforma timsTOF y con el ciclo de trabajo PASEF ahora de hasta 300 Hz para MS/MS, ofrece mejoras de rendimiento adicionales significativas para cantidades de muestra ultrabajas, incluida la proteómica unicelular imparcial y la lipidómica unicelular , proteómica espacial imparcial, inmunopeptidómica, fosfoproteómica, análisis PTM y estudios de interacción proteína-proteína (PPI).

"El flujo de trabajo dia-PASEF de sensibilidad unicelular en el timsTOF Ultra ha llevado nuestra investigación de proteómica tisular de entrada baja a un nuevo nivel. Usando un gradiente LC de nanoflujo de 20 minutos combinado con el método optimizado dia-PASEF (ventana 3×8) de Bruker , ahora podemos cuantificar de forma reproducible entre 1500 y 2000 proteínas de tejido FFPE de hígado de ratón microdiseccionado con láser de solo 1500 µm2, regiones que corresponden a aproximadamente 1 o 2 hepatocitos", dijo el Dr. Fabian Coscia, líder del grupo de Proteómica Espacial en el Centro Max Delbruck , Berlín.

Estos avances de timsTOF Ultra se han logrado sin comprometer la excelente solidez para la proteómica de alto rendimiento, por ejemplo, a 50 muestras por día (SPD), o incluso hasta 398 SPD, ni la confianza de identificación más alta de <1 % de péptido y <1 % de proteína FDR (tasas de descubrimiento falso), evitando la reactividad cruzada observada con métodos de reconocimiento inmunológico dirigidos.

"Para comprender verdaderamente los mecanismos celulares y las enfermedades, es crucial diferenciar entre los distintos tipos de células. Si bien el análisis de una sola célula ha cambiado las reglas del juego, enfrentamos obstáculos para maximizar su potencial de rendimiento y grupos de proteínas que se pueden analizar. Haría sentido biológico para detectar 6000 o más proteínas en un experimento de una sola célula. El timsTOF Ultra ha superado estas barreras, permitiéndonos explorar el proteoma de células individuales a una velocidad y sensibilidad sin igual. Gracias al timsTOF Ultra, el análisis de una sola célula ha alcanzado nuevas alturas, y estoy emocionado de ver a dónde nos llevará este avance", dijo el profesor Dr. Karl Mechtler, jefe de proteómica en el Centro de Innovación del Instituto de Investigación de Patología Molecular (IMP), Instituto Gregor Mendel (GMI), y el Instituto de Biotecnología Molecular de la Academia de Ciencias de Austria (IMBA).

Bruker también presentaVistaScan software para sincronizar la rampa TIMS con el escaneo de cuadrupolo para beneficiarse aún más de la información de movilidad de iones a escala. Esta sofisticada rampa dinámica vinculada apoya la novelamedios-PASEFmodo, presentado por Stefan Tenzer.

"Nuestro laboratorio se centra en métodos de proteómica cuantitativa que requieren la mayor sensibilidad y la mayor extracción de información. Junto con Bruker, hemos desarrollado el novedoso modo de adquisición de escaneo PASEF de máxima información dia (midia) que ofrece sensibilidad de adquisición independiente de datos (dia), mientras transforma los datos en espectros similares a la adquisición dependiente de datos (dda). El potencial de midia-PASEF para inmunopeptidómica y fosfoproteómica es particularmente emocionante", dijo el Dr. Stefan Tenzer, profesor de Proteómica Cuantitativa y director de MS Core Facility, Universidad Johannes Gutenberg de Mainz. .

Bruker tiene licencia exclusivamedios-PASEFde la Universidad Johannes Gutenberg de Mainz y planea lanzarmedios-PASEFcomo producto en 2023. El timsTOF Ultra está equipado con los requisitosVistaScancapacidades de adquisición.

Además, el timsTOF Ultra presenta un modo de adquisición dda-PASEF mejorado aún más, aumentando la velocidad a 300 Hz para hasta 18 000 espectros de MS/MS habilitados para secciones transversales de colisión (CCS) por minuto para habilitar 4D-Proteomics y 4D-Lipidomics / 4D-Metabolomics con gradientes LC muy cortos de solo minutos.