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Jul 11, 2023

Bruker lanza espectrómetro de masas timsTOF Ultra con sensibilidad transformadora, PASEF MS/MS de 300 Hz y VistaScan™ para diámetro mejorado

Publicado: 05 de junio de 2023 timsTOF Ultra Más avances

Publicado: 05 de junio de 2023

timsTOF Ultra avanza aún más en la 4D-Proteómica y 4D-Lipidomics™, inmunopeptidómica, PTM y análisis de interacciones proteína-proteína espaciales y unicelulares, con rapidez y solidez

HOUSTON--(BUSINESS WIRE)--En la 71.ª reunión de ASMS, Bruker Corporation (Nasdaq: BRKR) anunció la sensibilidad transformadora en la plataforma timsTOF de 4D-Proteomics con el lanzamiento del nuevo espectrómetro de masas timsTOF Ultra. Incorpora una nueva fuente de iones Ultra de ionización por pulverización cautiva (CSI) con un capilar más grande y un flujo de gas de vórtice optimizado, una novedosa celda XR TIMS (separación por movilidad de iones atrapados) de cuarta generación y un digitalizador de 14 bits. El timsTOF Ultra puede identificar más de 55 000 péptidos que se mapean en 5000 grupos de proteínas al nivel de una sola célula de 0,125 ng de carga de proteínas, con un FDR del 1 % y más de 4800 grupos de proteínas cuantificados con CV de <20 %. Esta sensibilidad revolucionaria y rendimiento de cuantificación por debajo del nivel de carga de proteína de 1 ng establece un nuevo punto de referencia. La sensibilidad inigualable, con la solidez comprobada de la plataforma timsTOF y con el ciclo de trabajo PASEF ahora de hasta 300 Hz para MS/MS, ofrece mejoras de rendimiento adicionales significativas para cantidades de muestra ultrabajas, incluida la proteómica unicelular imparcial y la lipidómica unicelular , proteómica espacial imparcial, inmunopeptidómica, fosfoproteómica, análisis PTM y estudios de interacción proteína-proteína (PPI).

Este comunicado de prensa presenta multimedia. Vea el comunicado completo aquí: https://www.businesswire.com/news/home/20230605005326/en/

Espectrómetro de masas ultra timsTOF (Foto: Business Wire)

El Dr. Fabian Coscia, líder de grupo de proteómica espacial en el Centro Max Delbruck, Berlín, Alemania, dijo: "El flujo de trabajo dia-PASEF de sensibilidad unicelular en el timsTOF Ultra ha llevado nuestra investigación de proteómica tisular de entrada baja a un nuevo nivel. Usando un gradiente de LC de nanoflujo de 20 minutos combinado con el método dia-PASEF optimizado de Bruker (ventana 3x8), ahora podemos cuantificar de manera reproducible 1,500 - 2,000 proteínas de tejido FFPE de hígado de ratón microdiseccionado con láser de solo 1,500 µm2, regiones correspondientes a aproximadamente 1- 2 hepatocitos".

Estos avances de timsTOF Ultra se han logrado sin comprometer la excelente solidez para la proteómica de alto rendimiento, por ejemplo, a 50 muestras por día (SPD), o incluso hasta 398 SPD, ni la confianza de identificación más alta de <1 % de péptido y <1 % FDR de proteínas (tasas de descubrimiento falso), evitando la reactividad cruzada observada con métodos de reconocimiento inmunológico dirigidos.

El profesor Dr. Karl Mechtler, jefe de proteómica en el centro de innovación del Instituto de Investigación de Patología Molecular (IMP), el Instituto Gregor Mendel (GMI) y el Instituto de Biotecnología Molecular de la Academia de Ciencias de Austria (IMBA), agregó: "Para entender verdaderamente los mecanismos celulares y las enfermedades, es crucial diferenciar entre los diversos tipos de células. Si bien el análisis de una sola célula ha cambiado el juego, enfrentamos obstáculos para maximizar su potencial para el rendimiento y los grupos de proteínas que se pueden analizar. Tendría sentido biológico para detectar 6000 o más proteínas en un experimento de una sola célula. El timsTOF Ultra ha superado estas barreras, permitiéndonos explorar el proteoma de células individuales a una velocidad y una sensibilidad sin precedentes. Gracias al timsTOF Ultra, el análisis de una sola célula ha alcanzado nuevos niveles , y estoy emocionado de ver a dónde nos llevará este avance".

Bruker también presenta el software VistaScan para sincronizar la rampa TIMS con el escaneo de cuadrupolo para beneficiarse aún más de la información de movilidad de iones a escala. Esta sofisticada rampa dinámica vinculada es compatible con el novedoso modo midia-PASEF, presentado por Stefan Tenzer (doi.org/10.1101/2023.01.30.526204).

El Dr. Stefan Tenzer, Profesor de Proteómica Cuantitativa y Director de MS Core Facility, Universidad Johannes Gutenberg de Mainz, comentó: "Nuestro laboratorio se centra en métodos de proteómica cuantitativa que requieren la mayor sensibilidad y la mayor extracción de información. Junto con Bruker, hemos desarrollado el novedoso información máxima dia (midia) Modo de adquisición de escaneo PASEF que ofrece sensibilidad de adquisición independiente de datos (dia), mientras transforma los datos en espectros similares a los de adquisición dependiente de datos (dda) El potencial de midia-PASEF para inmunopeptidómica y fosfoproteómica es particularmente emocionante. "

Bruker obtuvo la licencia exclusiva de midia-PASEF de la Universidad Johannes Gutenberg de Mainz y planea lanzar midia-PASEF como producto en 2023. El timsTOF Ultra está equipado con las capacidades de adquisición de VistaScan requeridas.

Además, el timsTOF Ultra presenta un modo de adquisición dda-PASEF mejorado aún más, aumentando la velocidad a 300 Hz para hasta 18 000 espectros de MS/MS habilitados para secciones transversales de colisión (CCS) por minuto para habilitar 4D-Proteomics y 4D-Lipidomics / 4D-Metabolomics con gradientes LC muy cortos de solo minutos.

Ionización por pulverización cautiva (CSI) Ultra

La fuente de iones CSI Ultra de Bruker, fundamental para la más alta sensibilidad de nanoflujo, se ha optimizado aún más para el timsTOF Ultra al enfocar el gas vórtice en la punta del nanospray para mejorar la transmisión de iones. El vórtice asegura la ionización a través de gradientes para caudales de 50-5000 nL/min.

El Dr. Christof Lenz, director de Proteómica de las Instalaciones Centrales de la Universitätsmedizin Göttingen, comentó: "La instalación de la nueva fuente CSI se ha vuelto aún más sencilla y ahora podemos intercambiar columnas y emisores literalmente en un minuto, con el mismo o mejor rendimiento. En Además, el novedoso diseño atornillable proporciona el posicionamiento y la alineación del emisor sin necesidad de un ajuste manual. Me gusta y, lo que es más importante, ¡a los técnicos de mi laboratorio les gusta!"

Emisor microFlow para proteómica 4D de mayor flujo

La exitosa fuente de iones VIP-HESI de Bruker ahora está equipada con nuevas capacidades de emisor microFlow. Esto permite una ionización eficiente a caudales de microflujo y LC analíticos, aprovechando la ultra alta sensibilidad, robustez y velocidad de la plataforma timsTOF.

La Dra. Johanna Tüshaus del laboratorio Küster de la Universidad Técnica de Múnich dijo: "Al planificar un proyecto de proteómica cerebral a gran escala, necesitábamos una configuración de LC-MS/MS rápida, sensible y robusta. Combinando nuestra tecnología LC de microflujo bien establecida a través de la fuente VIP-HESI al timsTOF HT resultó ser una combinación poderosa. Permite una cobertura de proteoma profunda usando gradientes cortos, vinculando así la velocidad con la sensibilidad. El desarrollo del emisor ESI de 50 µm fue clave para aumentar la sensibilidad de nuestro micro -configuración de flujo LC timsTOF".

El Dr. Mukul Midha, Ph.D., científico investigador del Laboratorio Moritz, Instituto de Biología de Sistemas, Seattle, agregó: "Para realizar proteómica cuantitativa a gran escala, es esencial contar con condiciones de electropulverización altamente estables. El Bruker VIP-HESI source ofrece la reproducibilidad para muestras de plasma complejas. Las conexiones de la fuente son sencillas, los parámetros fáciles de optimizar y la estabilidad de la pulverización es excelente. Estas mejoras aumentan el rendimiento de la muestra, logran un tiempo de actividad del 100 % y una cuantificación de proteínas estable y precisa".

Capacidad de control de calidad en tiempo real en el software Bruker ProteoScape con el kit Biognosys iRT

Bruker presenta el software 4D-Proteomics ProteoScape para análisis en tiempo real impulsado por GPU con nuevas capacidades para el control de calidad (QC) utilizando el kit Biognosys iRT. El kit contiene once péptidos sintéticos no naturales, diseñados para la estabilidad, la sensibilidad, el espaciado del tiempo de retención y la habilitación de CCS para garantizar un control óptimo del rendimiento del sistema en tiempo real.

El Dr. Eduardo Chicano-Gálvez, Jefe de la Unidad de Espectrometría de Masas e Imagen Molecular del IMIBIC, Hospital Reina Sofía, Universidad de Córdoba, España, dijo: "El módulo de Control de Calidad (QC) monitorea en tiempo real, asegurando que nuestra plataforma funcione sin problemas, y valiosas muestras clínicas no se pierden. Ahora podemos pasar de la muestra a los resultados en proyectos de proteómica clínica de gran cohorte en poco tiempo, manteniendo la sensibilidad, la solidez, la trazabilidad y la calidad analítica".

El software Bruker ProteoScape también integra herramientas de terceros, incluido el paquete BPS Novor para una secuenciación de novo rápida, precisa y precisa para inmunopeptidómica y metaproteómica, donde la información típica de escisión enzimática específica no está disponible. A todos los usuarios existentes del software Bruker PaSER se les ofrecerán actualizaciones a Bruker ProteoScape.

SCiLS Lab integra la anotación MetaboScape® para biología espacial multiómica

SCiLS Lab 2024 ahora incluye la anotación de metabolitos y lípidos utilizando la anotación de MetaboScape, así como mejoras en la búsqueda de características 4D habilitadas para CCS para acelerar la biología de tejido espacial multiómica. SCiLS Lab 2024 ofrece un flujo de trabajo multiómico integrado, que combina el análisis de proteínas MALDI HiPLEX-IHC con el análisis de lípidos, metabolitos y glicanos del mismo tejido, incluida la autosegmentación y la elaboración de perfiles estadísticos.

La Dra. Erin H. Seeley, Ph.D., Directora del Centro de Imágenes de Espectrometría de Masas del Departamento de Química de la Universidad de Texas en Austin, dijo: "El nuevo hallazgo de características 4D en SCiLS Lab se centra en la información relevante en nuestro MALDI habilitado para CCS. Estudios de imágenes. Esto acelera en gran medida nuestros flujos de trabajo de imágenes de MS y permite evaluar de manera eficiente las muestras de tejido. La integración en SCiLS Lab hace que sea más fácil que nunca sacar el máximo provecho de nuestro timsTOF fleX".

MetaboScape 2024 ahora también es compatible con el análisis semicuantitativo utilizando estándares de lípidos marcados isotópicamente estables y la integración de Mass Spec Query Language (MassQL), un lenguaje de dominio específico impulsado por la comunidad de metabolómica.

El software OligoQuest™ 2.0 agrega capacidad para modificaciones personalizadas de oligonucleótidos

La nueva versión de OligoQuest 2.0 ofrece una caracterización mejorada de ARN y oligonucleótidos que permite la confirmación de secuencias de productos completos (FLP), así como productos secundarios mediante análisis de masa intacta y MS/MS. Además, la solución OligoQuest confirma secuencias de ARN modificadas e intercambios de bases en oligonucleótidos isoméricos. Los clientes pueden personalizar su "alfabeto" de oligonucleótidos para indicar modificaciones estándar o personalizadas.

El Dr. Fritz Schweikart, Desarrollo Farmacéutico/AstraZeneca, Gotemburgo, comentó: "Con OligoQuest finalmente tenemos en nuestras manos una herramienta de evaluación largamente esperada, que simplifica enormemente, e incluso nos permite, analizar en profundidad los datos de MS/MS de nuestra industria farmacéutica". Oligonucleótidos antisentido (ASO). La degradación química ahora se puede analizar con facilidad y la investigación manual de los datos de MS/MS es historia. La interacción del usuario con la versión beta probada es notablemente fácil y directa con respecto a los complejos algoritmos de coincidencia de masas que ocurren en segundo plano. ."

Acerca de Bruker Corporation (Nasdaq: BRKR)

Bruker permite a los científicos realizar descubrimientos revolucionarios y desarrollar nuevas aplicaciones que mejoran la calidad de vida humana. Los instrumentos científicos de alto rendimiento y las soluciones analíticas y de diagnóstico de alto valor de Bruker permiten a los científicos explorar la vida y los materiales a nivel molecular, celular y microscópico. En estrecha colaboración con nuestros clientes, Bruker está permitiendo la innovación, la mejora de la productividad y el éxito del cliente en la investigación de biología celular y molecular de ciencias de la vida, en aplicaciones farmacéuticas y aplicadas, en microscopía y nanoanálisis, así como en aplicaciones industriales. Bruker ofrece sistemas y soluciones de diagnóstico y ciencias de la vida diferenciados y de alto valor en imágenes preclínicas, investigación de fenómica clínica, proteómica y multiómica, biología espacial y unicelular, biología funcional estructural y de condensación, así como en microbiología clínica y diagnóstico molecular. Visite www.bruker.com.

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Relaciones con inversores Contacto Justin WardSr. Director de Relaciones con Inversores y Desarrollo CorporativoT: +1 (978) 313-5800E: [email protected]

Fuente: Corporación Bruker

Espectrómetro de masas ultra timsTOF (Foto: Business Wire)

Ionización por pulverización cautiva (CSI) Ultra (Foto: Business Wire)

Software ProteoScape con kit Biognosys iRT (Gráfico: Business Wire)

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